أصدر رئيس الحكومة السورية الانتقالية، محمد البشير، قرارًا بإنشاء هيئة عامة للمنافذ البرية والبحرية، تتمتع بالاستقلال الإداري والمالي وترتبط مباشرة برئيس مجلس الوزراء.
وتتولى الهيئة مسؤولية الإشراف والتنظيم على دخول وخروج الركاب والبضائع، بالإضافة إلى الملاحة البحرية والموانئ وأعمال النقل البحري.
وتضم الهيئة تحت إشرافها كلًا من الشركة العامة لمرفأي طرطوس واللاذقية، ومديرية الجمارك، والمراكز الحدودية، والمؤسسة العامة للموانئ، والمؤسسة العامة للنقل البحري، والمؤسسة العامة للمناطق الحرة، وشركة التوكيلات الملاحية.